После перевода в С.-Петербург на службу в Управление генерала-квартирмейстера Генерального Штаба, то есть, в современной терминологии, в разведывательное управление, известная нам ныне общественная деятельность Андрея Евгеньевича приобретает новые размах и направленность – появляются его первые научные труды, продолжается широкая педагогическая и публицистическая работа, в основном сконцентрированная на вопросах ориенталистики. Ощущение надвигавшейся Мировой Войны возникло в Европе задолго до ее начала, и подготовка к ней началась полным ходом. Из Петербурга был направлен в Армию начальником Штаба 2-й Казачьей Сводной дивизии, в войска первого эшелона, расположенные непосредственно на границе. До войны он успевает поучаствовать в работе разграничительной комиссии на границе с Австро-Венгрией. С первого дня военных действий – Снесарев на Юго-Западном Фронте. За время войны он участвовал более чем в 75 боях, пройдя служебный путь от командира полка до командира корпуса.
         Очень тяжело переживал Снесарев все, что случилось с Россией после февраля 1917 года. Грустные картины разложения армии и страны прошли перед его глазами. Осторожные надежды на лучшее быстро сменились глубочайшим разочарованием и порою полным неприятием происходящего. В его дневниках и письмах домой той поры встречается много пронзительных строк, полных тяжелых раздумий о судьбе Отечества.

В 1918 году А.Е.Снесарев поступил на службу в Красную Армию. В мае его назначают военным руководителем Северо-Кавказским военным округом. Вот как это было отражено в его дневнике:…Сегодня получил директиву, которая меня окрыляет — задача чисто боевая и притом с немцами... могу на «контр-революционеров» махнуть рукой...